根据主要职责，市教育局（市委教育工作委员会）设10个内设机构。

　　（一）办公室（教育工委办公室、政策法规处）

　　负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作以及综合协调、保密、保卫、信息、信访、接待、机关管理、后勤服务等工作；负责局机关财务和固定资产管理工作；协调与外单位的教育协作工作；组织、指导教育系统国际合作与交流工作；做好目标的分解与管理，考核与奖惩等工作。

　　承担全市教育改革发展中重大政策的调研工作；负责全市教育规范性文件的起草工作；指导、协调全市教育系统政务公开、普法教育、执法监督、行政复议、行政应诉工作；指导督促全市教育系统依法行政、依法治教工作。

　　（二）政治处

　　负责制定全市教育行政干部队伍建设规划；负责局机关和直属事业单位干部管理工作；负责拟订市教育工委党建工作计划；指导基层党组织的党建工作；负责机关、直属单位党外干部、妇女干部、机关离退休干部、直属单位的党群工作；负责全市教育系统宣传工作和学校精神文明建设。承担机关和直属单位的机构编制、干部人事和劳动工资等工作；指导、协调全市教育系统人事分配制度改革、工资福利等工作；负责市区（除开发区外）教育系统人员进出、内部流动及招聘录用的审批工作；负责指导中小学特级教师的选拔、培养、管理工作；负责全市中小学教师资格认定工作。

　　（三）师资处

　　承担教师队伍建设统筹管理工作；制定全市教师队伍建设规范性文件；指导师德、师风建设；规划、指导实施中小学高层次人才的选拔、认定、培养和中小学骨干教师队伍建设工作；规划、指导、协调、组织市（县、区）教育系统干部和教师继续教育和培训工作；指导中小学和地方高校、中等职业学校教师（中级）的职务评审聘任工作；协调教育系统人才工作。

　　（四）计划财务处（审计处）

　　负责制定全市教育事业发展规划，教育系统基本信息统计、分析工作；参与拟订教育经费筹措、教育拨款、学生资助、教育收费等有关文件；负责市财政下达的教育事业经费、教育专项经费监督管理工作；负责管理使用市区教育费附加、地方教育附加和地方教育基金；承担全市教育经费投入情况的统计、分析和监督执行工作；负责全市教育事业统计与人才需求预测工作；指导、协调各类教育的布局与结构调整、校园规划、校舍建设与维修；负责大中专院校和市区中小学的设置、撤销、调整以及其他有关学历教育机构的审核等工作；负责市直学校和直属事业单位的基建管理、国有资产、预决算、财务管理、内部审计等工作；统筹管理专项拨款、赠援款和世界银行贷款等外资贷款；指导、协调资助家庭贫困学生工作。

　　（五）基础教育处（语言文字工作办公室）

　　承担义务教育、普通高中教育、幼儿教育、特殊教育统筹管理工作；拟订基础教育发展政策措施；指导和监督基础教育阶段学校（幼儿园）常规管理、课程实施和校本课程建设；指导幼儿教育的保教研究及实施工作；指导中小学学生学籍管理以及学生综合素质评价；指导和监督中小学的德育、科普教育、校外教育、民族教育以及其他各种教育工作；指导、协调推进教育现代化建设和义务教育均衡发展。

　　制定语言文字工作规划并组织实施；组织实施国家颁布的语言文字各项标准和规范；监督检查语言文字的应用情况；负责普通话推广和普通话水平测试工作；承担市语言文字工作委员会办公室的具体工作。

　　（六）职业教育与社会教育处

　　承担社会教育统筹管理工作；指导农村文化技术教育、职工教育、老年教育、社区教育、扫盲教育和构建终身教育体系工作；承担中等职业教育、五年制高等职业教育统筹管理工作；负责全市民办学历教育学校的设置、撤销、更名与调整的审核工作，指导社会力量举办的非学历教育机构的有关工作，统筹协调对民办高中段教育的管理；指导教育系统中外合作办学；负责全市计算机、外语等级培训的考核、发证工作。

　　(七)　体育卫生与艺术教育处

　　指导学校体育教育、卫生与健康教育、艺术教育、国防教育工作，并制定教学质量评估方案；组织、协调学生体育竞赛和艺术交流活动；指导、协调学生军训工作；规划、指导相关专业地方教材的建设；会同市有关部门建立学生体质健康监测和学校公共卫生应急处理机制；协调对全市中小学学生健康状况进行调查；指导、组织常见病、流行病的预防工作；指导、协调教育系统双拥和征兵工作。

　　（八）安全保卫与维护稳定处（信访办公室）

　　指导学校安全教育工作；指导、协调学校安全保卫、治安综合治理和平安创建工作；指导、协调教育系统维护稳定工作；指导、协调学校食品卫生、校舍、实验器材、药品、校车、交通等安全以及重大安全事件处置工作；指导、协调学生人身伤害责任保险工作；指导学校后勤管理和改革工作；负责教育系统信访等工作。

　　（九）高等教育工作处

　　负责大中专院校党的建设工作，宏观指导大中专院校师生思想政治工作和精神文明建设；负责高校稳定工作；承担地方高等教育的协调管理，对市属大中专院校改革发展方面的重大问题进行调查研究，提出意见；指导高校为地方经济社会发展服务；协助做好大中专院校干部工作；参与拟订全市大中专院校毕业生就业创业政策，指导全市大中专院校开展大学生就业创业指导和服务工作。

　　（十）教育督导室（连云港市人民政府教育督导室）

　　负责制定本行政区域内教育督导工作的规章制度；组织对县区级政府和有关职能部门履行教育职责情况进行督导评估；组织对中等及其以下学校贯彻执行教育法律法规和方针政策情况进行督导检查；参与、指导基础教育发展水平、质量的监测工作。

　　机关党委负责机关和直属单位的党群工作。

　　纪检监察机构按有关规定设置。